Das EPA ist Bestimmungsamt für die in der internationalen Anmeldung benannten Vertragsstaaten des EPÜ, für die der PCT in Kraft getreten ist, wenn der Anmelder in der internationalen Anmeldung dem Anmeldeamt mitgeteilt hat, dass er für diese Staaten ein europäisches Patent begehrt. Das Gleiche gilt, wenn der Anmelder in der internationalen Anmeldung einen Vertragsstaat benannt hat, dessen Recht vorschreibt, dass eine Bestimmung dieses Staats die Wirkung einer Anmeldung für ein europäisches Patent hat. In allen ab 1. Januar 2004 eingereichten internationalen Anmeldungen ist das EPA automatisch bestimmt.

Hinsichtlich Fristen und Verfahrenshandlungen vor dem EPA als Bestimmungsamt siehe den Leitfaden für Anmelder "Der Weg zum europäischen Patent, 2. Teil: PCT-Verfahren vor dem EPA - Euro-PCT", April 2002. Für Anmeldungen betreffend Nucleotid- und Aminosäuresequenzen siehe A-VII, 4.2 und Beilage Nr. 2 zum ABl. 11/1998.

Für den Eintritt in die europäische Phase vor dem EPA als Bestimmungsamt müssen die entsprechenden Erfordernisse nach Regel 107 erfüllt sein (siehe A-VII, 1.2 und 1.3). Den Anmeldern wird nachdrücklich empfohlen, für den Eintritt in die europäische Phase das Formblatt 1200 zu verwenden, das kostenlos beim EPA erhältlich ist.