Bezüglich der Einreichung von Sequenzprotokollen (siehe IV, 5 ("Anmeldungen betreffend Nucleotid- oder Aminosäuresequenzen")) sind die Regeln 5.2 und 13ter PCT maßgebend. Das EPA macht in seiner Eigenschaft als Internationale Recherchenbehörde (siehe E-IX, 3) von der Möglichkeit nach Regel 13ter.1 PCT Gebrauch, vom Anmelder gegebenenfalls die Einreichung des vorgeschriebenen Sequenzprotokolls in elektronischer Form gemäß WIPO-Standard ST.25 Nummer 39 ff. zu verlangen (siehe Art. 4 des Beschlusses des Präsidenten des EPA vom 2. Oktober 1998 in Verbindung mit der dazugehörigen Mitteilung des EPA (Nummer III), Beilage Nr. 2 zum ABl. 11/1998).

Wird ein Sequenzprotokoll bei Eintritt einer Euro-PCT-Anmeldung in die europäische Phase nachgereicht, so findet Regel 111 (3) Anwendung (siehe Nummer IV der vorgenannten Mitteilung).