"Verfahren zur chirurgischen oder therapeutischen Behandlung des menschlichen oder tierischen Körpers und Diagnostizierverfahren, die am menschlichen oder tierischen Körper vorgenommen werden, gelten nicht als gewerblich anwendbare Erfindungen. Dies gilt nicht für Erzeugnisse, insbesondere Stoffe oder Stoffgemische, zur Anwendung in einem der vorstehend genannten Verfahren". Für Instrumente oder Vorrichtungen die bei chirurgischen oder therapeutischen Verfahren und bei Diagnostizierverfahren verwendet werden, können demnach Patente erteilt werden. Die Herstellung von Prothesen oder künstlichen Gliedern kann patentierbar sein. Nicht von der Patentierbarkeit ausgeschlossen wäre z. B. ein Verfahren zur Herstellung von Einlegesohlen zwecks Korrektur der Körperhaltung oder ein Verfahren zur Herstellung künstlicher Gliedmaßen. Das Abnehmen eines Fußabdrucks oder eines Abdrucks von einem Stumpf, an den eine künstliche Gliedmaße angepasst wird, ist eindeutig kein chirurgischer Eingriff und erfordert nicht die Anwesenheit von medizinischem Fachpersonal. Zudem werden sowohl die Einlegesohlen als auch die künstlichen Gliedmaßen außerhalb des Körpers hergestellt. Dagegen wäre ein Verfahren zur Herstellung einer Endoprothese, das zwar außerhalb des Körpers angewendet wird, bei dem aber für das Maßnehmen ein chirurgischer Eingriff erforderlich ist, nach Art. 52 (4) von der Patentierbarkeit ausgeschlossen (siehe T 1005/98, nicht im ABl. veröffentlicht).

Patente können auch für neue Erzeugnisse zur Verwendung bei diesen Behandlungs- und Diagnostizierverfahren erteilt werden, insbesondere für Stoffe oder Stoffgemische. Ein bekannter Stoff oder ein bekanntes Stoffgemisch darf jedoch nur für die Verwendung in diesen Verfahren patentiert werden, wenn der bekannte Stoff oder das Stoffgemisch nicht schon vorher zur Verwendung in chirurgischen, therapeutischen oder diagnostischen Verfahren am menschlichen oder tierischen Körper offenbart war ("erste medizinische Indikation"). Derselbe Stoff bzw. dasselbe Stoffgemisch kann später nicht für irgendeine andere derartige Verwendung patentiert werden. Ein Patentanspruch auf einen bekannten Stoff oder ein bekanntes Stoffgemisch zur Verwendung in chirurgischen, therapeutischen und/oder diagnostischen Verfahren sollte etwa folgende Form haben: "Stoff oder Stoffgemisch X" gefolgt von der Angabe des Verwendungszwecks, z. B. "... zur Verwendung als Arzneimittel", "... als antibakterielles Mittel" oder "( zur Behandlung der Krankheit Y". Im Gegensatz zu der in III, 4.8 angegebenen allgemeinen Regel sind diese Arten von Patentansprüchen so auszulegen, dass sie auf den Stoff oder das Stoffgemisch in der Aufmachung oder Verpackung für die Verwendung beschränkt sind. Art. 54 (5) sieht somit eine Ausnahme von dem allgemeinen Grundsatz vor, dass Erzeugnisansprüche nur für (absolut) neue Produkte gewährt werden können. Dies bedeutet jedoch nicht, dass Erzeugnisansprüche für die erste medizinische Verwendung nicht alle anderen Patentierbarkeitsvoraussetzungen, insbesondere diejenige der erfinderischen Tätigkeit, erfüllen müssen (siehe T 128/82, ABl. 4/1984, 164).

Ein Anspruch der Form "Verwendung eines Stoffs oder Stoffgemischs X zur Behandlung der Krankheit Y" ist als auf ein durch Art. 52 (4) ausdrücklich von der Patentierbarkeit ausgenommenes Behandlungsverfahren gerichtet anzusehen und deshalb nicht zuzulassen.

Offenbart eine Anmeldung erstmalig eine Reihe gesonderter Verwendungsarten eines bekannten Stoffs oder Stoffgemischs für chirurgische und therapeutische Verfahren oder Diagnostizierverfahren, so können in der Regel in dieser Anmeldung unabhängige Patentansprüche aufgestellt werden, von denen jeder auf den Stoff oder das Stoffgemisch für eine der verschiedenen Verwendungsarten gerichtet ist, d. h., ein "a priori"-Einwand wegen mangelnder Einheitlichkeit der Erfindung sollte im Allgemeinen nicht erhoben werden (siehe III, 7.6).

Ein Patentanspruch der Form "Verwendung eines Stoffs oder Stoffgemischs X zur Herstellung eines Arzneimittels für eine therapeutische Anwendung Z" kann unabhängig davon zulässig sein, ob es sich um die erste oder eine "weitere" (zweite oder folgende) therapeutische Anwendung handelt (Anspruch in Form einer "zweiten medizinischen Indikation" oder schweizerische Anspruchsform) wenn diese Anwendung neu und erfinderisch ist (siehe G 1/83, ABl. 3/1985, 60). Dasselbe gilt für Ansprüche der Form "Verfahren zur Herstellung eines Arzneimittels für eine therapeutische Anwendung Z, gekennzeichnet durch die Verwendung des Stoffs X" oder sachlich gleichwertige Ansprüche (siehe T 958/94, ABl. 6/1997, 241). Der Anmelder darf bei gleichzeitiger Offenbarung mehrerer "weiterer" therapeutischer Anwendungen nur dann in ein und derselben Anmeldung Patentansprüche der oben genannten Art, die auf die verschiedenen therapeutischen Anwendungen gerichtet sind, aufstellen, wenn diese eine einzige allgemeine erfinderische Idee verwirklichen (Art. 82). Bei Verwendungs- oder Verfahrensansprüchen der oben genannten Art ist ferner zu beachten, dass eine pharmazeutische Wirkung allein noch nicht unbedingt eine therapeutische Anwendung beinhaltet. So kann beispielsweise die selektive Belegung eines spezifischen Rezeptors durch einen bestimmten Stoff als solche nicht als therapeutische Anwendung angesehen werden; die Entdeckung, dass ein Stoff selektiv an einen Rezeptor bindet, stellt zwar einen wichtigen Beitrag zum wissenschaftlichen Kenntnisstand dar, muss jedoch in Form einer definierten, tatsächlichen Behandlung eines pathologischen Leidens zur Anwendung kommen, um als technischer Beitrag zum Stand der Technik und damit als patentfähige Erfindung zu gelten (siehe T 241/95, ABl. 2/2001, 103). Siehe auch III, 4.14 in Bezug auf die funktionelle Definition eines pathologischen Leidens.