"Ne sont pas considérées comme des inventions susceptibles d'application industrielle les méthodes de traitement chirurgical ou thérapeutique du corps humain ou animal et les méthodes de diagnostic appliquées au corps humain ou animal. Cette disposition ne s'applique pas aux produits, notamment aux substances ou compositions, pour la mise en oeuvre d'une de ces méthodes". Par conséquent, les instruments et appareillages chirurgicaux, thérapeutiques ou de diagnostic devant être utilisés dans ces méthodes peuvent être brevetés. De même, les méthodes de fabrication de prothèses ou de membres artificiels peuvent être brevetées. Ainsi, un procédé de fabrication de semelles orthopédiques ou un procédé de fabrication d'un membre artificiel devrait être brevetable. Dans les deux cas, le fait de prendre l'empreinte du pied ou de réaliser le moule du moignon sur lequel doit être ajusté un membre artificiel n'est à l'évidence pas de nature chirurgicale et ne requiert pas la présence d'une personne qualifiée sur le plan médical. En outre, les semelles et les membres artificiels sont fabriqués en dehors du corps humain. En revanche, un procédé de fabrication d'une endoprothèse en dehors du corps humain, qui exige la mise en oeuvre d'une étape chirurgicale pour prendre les mesures, est exclu de la brevetabilité en vertu de l'art. 52(4) CBE (cf. T 1005/98, non publiée au JO).

Peuvent également être brevetés les produits nouveaux, notamment les substances ou compositions pour la mise en oeuvre de ces méthodes de traitement ou de diagnostic. Toutefois, dans le cas d'une substance ou d'une composition connue, celle-ci ne peut être brevetée pour la mise en oeuvre de ces méthodes que si son utilisation en chirurgie, en thérapeutique ou pour les méthodes de diagnostic appliquées au corps humain ou animal n'était pas divulguée antérieurement ("première utilisation médicale"). La même substance ou composition ne peut être brevetée par la suite pour aucune autre utilisation de ce type. Une revendication concernant une substance ou composition connue que l'on utiliserait pour la première fois dans une méthode chirurgicale, de traitement thérapeutique et/ou de diagnostic devrait être formulée comme suit : "Substance ou composition X", suivie de l'indication de l'utilisation, par exemple, "... pour utilisation comme médicament" ou "... pour utilisation comme agent antibactérien" ou "... pour le traitement de la maladie Y". Contrairement aux principes généraux énoncés au point III, 4.8, ces types de revendication seront interprétés comme se limitant à la substance ou à la composition telle qu'elle a été présentée ou conditionnée en vue de l'utilisation en question. L'art. 54(5) apporte par conséquent une exception au principe général selon lequel des revendications de produit ne peuvent être obtenues que pour des produits (absolument) nouveaux. Cependant, cela ne signifie pas que des revendications de produit relatives à la première utilisation médicale ne doivent pas satisfaire aux autres conditions de brevetabilité, en particulier à celle d'activité inventive (cf. T 128/82, JO 4/1984, 164).

Une revendication ayant la forme : "Utilisation d'une substance ou composition X dans le traitement de la maladie Y" sera considérée comme portant sur une méthode de traitement qui est explicitement exclue de la brevetabilité en vertu de l'art. 52(4) et ne sera donc pas admise.

Si une demande divulgue pour la première fois un certain nombre d'utilisations chirurgicales, thérapeutiques ou diagnostiques distinctes concernant une substance ou une composition connue, il est possible normalement de formuler dans une seule demande des revendications indépendantes, chacune portant sur la substance ou la composition dans l'une des différentes utilisations, c'est-à-dire qu'il n'y a en général pas lieu de soulever a priori une objection d'absence d'unité d'invention (cf. III, 7.6).

Une revendication ayant la forme : "Utilisation d'une substance ou composition X pour l'obtention d'un médicament destiné à une utilisation thérapeutique Z" peut être admise, qu'il s'agisse d'une première utilisation thérapeutique ou d'une utilisation thérapeutique "ultérieure" (revendication du type "deuxième utilisation médicale" ou revendication "de type suisse"), si cette utilisation est nouvelle et implique une activité inventive (cf. G 6/83, JO 3/1985, 67). Le même principe s'applique aux revendications du type "Méthode pour fabriquer un médicament destiné à une utilisation thérapeutique Z, caractérisée en ce que la substance X est utilisée", ou aux revendications équivalentes sur le fond (cf. T 958/94, JO 6/1997, 241). Si le demandeur divulgue en même temps plusieurs utilisations thérapeutiques "ultérieures", il ne peut être autorisé à formuler dans une même demande des revendications du type décrit ci-dessus relatives aux différentes utilisations thérapeutiques que si celles-ci forment un seul concept inventif général (art. 82). En ce qui concerne les revendications d'utilisation ou de procédé de ce type, il convient également de noter qu'un simple effet pharmaceutique n'implique pas nécessairement une application thérapeutique. Ainsi, l'occupation sélective d'un récepteur par une substance donnée ne peut à elle seule être considérée comme une application thérapeutique. En effet, tant qu'elle n'a pas trouvé d'application pratique sous la forme d'un traitement défini et réel d'une pathologie, la découverte selon laquelle une substance se lie de façon sélective à un récepteur, même si elle représente un apport important sur le plan scientifique, ne constitue pas une contribution d'ordre technique par rapport à l'état de la technique qui permet de considérer que l'on a affaire à une invention pouvant bénéficier d'une protection par brevet (cf. T 241/95, JO 2/2001, 103). En ce qui concerne la définition d'une pathologie en termes fonctionnels, cf. également III, 4.14.