Les demandes PCT sont traitées, d'une manière générale, au chapitre E-IX. L'examen des demandes de brevet européen déposées au titre du PCT devrait se dérouler exactement de la même manière que pour d'autres demandes de brevet européen. Toutefois, lorsque la recherche est effectuée par une administration chargée de la recherche internationale autre que l'OEB, l'examinateur peut être amené à prendre en considération à la fois le rapport de recherche internationale (avec le rapport préliminaire international sur la brevetabilité ou rapport d'examen préliminaire international) et un rapport complémentaire de recherche européenne (accompagné de l'avis correspondant) établi par l'OEB (cf. B-II, 4.3).

La règle 109 fixe le cadre dans lequel la demande peut être modifiée après son entrée dans la phase européenne. Sans préjudice de la règle 86(2) à (4), la demande peut être modifiée une seule fois, dans un délai non reconductible d'un mois à compter de la signification d'une notification en informant le demandeur. Cette notification est émise rapidement après l'expiration du délai prévu pour l'entrée dans la phase européenne. Le cas échéant, la demande telle que modifiée sert de base à toute recherche complémentaire devant être effectuée conformément à l'art. 157(2) (cf. B-II, 4,3).

Lorsque l'OEB est office élu, le rapport d'examen préliminaire international et les documents annexés doivent être pris en considération conformément au point E-IX, 6.4.