Der Anmelder kann auf den EESR hin geänderte Anmeldungsunterlagen nach Regel 86 (2) und/oder Bemerkungen zu den in der Stellungnahme zur Recherche erhobenen Einwänden einreichen (zur Einreichung geänderter Patentansprüche vor der Veröffentlichung, siehe A-VI, 1.3, zweiter Absatz). Diese Änderungen oder Bemerkungen werden erst in der Prüfungsphase untersucht. Damit sichergestellt ist, dass die Prüfungsabteilung die Erwiderung des Anmelders auf die Stellungnahme zur Recherche erhält, bevor eine Mitteilung gemäß Art. 96 (2) ergeht, sollte der Anmelder sie spätestens und am besten gleichzeitig mit dem Prüfungsantrag (Art. 94 (2)) oder der Absichtserklärung über die Aufrechterhaltung der Anmeldung (Art. 96 (1)) einreichen. Eine telefonische oder persönliche Rücksprache ist erst in der Prüfungsphase möglich. Vorher darf der Prüfer entsprechenden Anträgen nicht stattgeben.

Reagiert der Anmelder nicht auf die Stellungnahme zur Recherche und tritt die Anmeldung in die Prüfungsphase ein (siehe C-VI, 1.1 und C-VI, 1.1.1), erlässt die Prüfungsabteilung als ersten Bescheid nach Art. 96 (2) (siehe C-VI, 3.3) eine Mitteilung, in der auf die Stellungnahme zur Recherche hingewiesen und eine Frist für die Erwiderung gesetzt wird. Wird auf diese Mitteilung nicht rechtzeitig reagiert, gilt die Anmeldung nach Art. 96 (3) als zurückgenommen.