L'exposé des motifs doit contenir, dans un ordre logique, les arguments qui justifient le dispositif. Il doit être complet et pouvoir se comprendre par lui-même, c'est-à-dire en principe sans recours à des renvois. Toutefois, si une question a déjà été traitée en détail dans une seule notification présente dans le dossier, il est possible de résumer dans la décision les motifs se rapportant à cette question et de faire référence à la notification en cause pour les détails.

Les conclusions tirées des faits et des moyens de preuve, par exemple des documents publiés, doivent être énoncées clairement. Les passages d'un document publié qui revêtent une importance pour la décision doivent être indiqués de manière telle que les conclusions auxquelles ils conduisent puissent être vérifiées sans difficulté. Il ne suffit donc pas, par exemple, d'affirmer simplement que les documents cités prouvent que l'objet du brevet est déjà connu ou n'implique pas d'activité inventive, ou à l'inverse qu'ils ne mettent pas en doute sa brevetabilité. Il faut au contraire montrer, en se référant à des passages précis des documents publiés, pourquoi il en est ainsi.

Il importe en particulier d'accorder la plus grande attention aux faits et arguments importants qui pourraient être opposés à la décision rendue, faute de quoi il pourrait se dégager l'impression que ces points ont été omis ou négligés. Des documents présentés à l'appui des mêmes faits ou arguments peuvent être traités sous une forme résumée, ceci afin d'éviter d'allonger inutilement l'exposé des motifs.

En ce qui concerne les points litigieux qui revêtent une importance essentielle pour la décision, il est particulièrement important que l'exposé des motifs soit complet et détaillé. Néanmoins, des détails inutiles ou des motifs supplémentaires destinés à apporter une nouvelle preuve de ce qui a déjà été prouvé ne devraient pas être mentionnés.

Si, au cours de la procédure d'examen, le demandeur a déposé une requête principale et une ou plusieurs requêtes subsidiaires (cf. X, 3), et qu'aucune de ces requêtes n'est admissible, il convient, dans la décision de rejet de la demande conformément à l'art. 97(1), d'indiquer non seulement les raisons pour lesquelles la requête principale n'est pas admissible, mais aussi celles pour lesquelles chacune des requêtes subsidiaires ne l'est pas. Si l'une des requêtes est admissible, la notification prévue à la règle 51(4) doit être établie sur la base de la (première) requête admissible, et expliquer pourquoi les requêtes qui la précédaient dans l'ordre des préférences du demandeur ne sont pas admissibles. Si le demandeur, en réponse à la notification émise en application de la règle 51(4), maintient les requêtes non admissibles qui précèdent dans l'ordre de ses préférences, la demande doit être rejetée conformément à l'art. 97(1). Dans la décision de rejet, il convient d'exposer les raisons pour lesquelles aucune des requêtes précédant la requête jugée admissible dans l'ordre des préférences du demandeur n'est admissible, et de préciser que celui-ci n'a pas donné son accord sur la requête qui avait été jugée admissible. Si, après l'établissement de la notification au titre de la règle 51(4), le texte des requêtes maintenues n'est pas modifié par rapport au texte consigné dans le dossier, l'exigence visée à la règle 51(5) en ce qui concerne la production des traductions et le paiement des taxes ne s'applique pas. Ces questions sont également traitées dans le renseignement juridique n  15/05 (rév.2), JO 6/2005, 357.

De la même manière, si, au cours d'une procédure d'opposition, le titulaire du brevet a présenté une ou plusieurs requêtes subsidiaires en sus de sa requête principale, et qu'aucune de ces requêtes n'est admissible, le brevet doit être révoqué, et il convient d'exposer dans la décision les raisons pour lesquelles aucune des requêtes présentées et maintenues par le titulaire du brevet n'a été jugée admissible. Si l'une des requêtes du titulaire du brevet visant au maintien du brevet sous une forme modifiée est jugée admissible, la division d'opposition doit rendre une décision intermédiaire sur la base de la (première) requête admissible. Dans cette décision, elle doit expliquer pourquoi cette requête remplit les conditions de la CBE et pourquoi les requêtes qui la précèdent dans l'ordre des préférences du titulaire du brevet ne les remplissent pas.

Dès lors qu'une décision implique le rejet de toutes les requêtes, elle ne peut pas être prise avant que le demandeur ou le titulaire du brevet ait été informé des raisons pour lesquelles aucune de ces requêtes n'a été jugée admissible, de manière à ce qu'il ne soit pas privé de la possibilité de prendre position (art. 113(1) - droit d'être entendu). De la même manière, le ou les opposants doivent avoir la possibilité de faire part de leurs observations avant que l'admissibilité d'une requête subsidiaire ne soit constatée dans une décision intermédiaire (cf. D-VI, 7.2).

Pour déterminer à quel endroit de la décision il convient de traiter la requête subsidiaire, on se fondera sur des considérations d'ordre pratique. L'accent doit être mis sur le traitement des revendications indépendantes, alors qu'il n'est pas nécessaire que l'exposé des motifs relatif aux revendications dépendantes soit aussi détaillé, à moins que ces dernières ne revêtent, dans un cas d'espèce, une importance particulière.

Si une division d'examen ou d'opposition a exercé le pouvoir d'appréciation qui lui est conféré par la règle 71bis pour refuser des faits, preuves ou requêtes présentés tardivement, elle doit exposer dans la décision les motifs de son refus. Une simple référence au pouvoir d'appréciation conféré par la règle 71bis ne suffit pas. Il en va de même lorsque la division d'examen exerce son pouvoir d'appréciation pour refuser des modifications au titre de la règle 86(3) (cf. T 755/96, JO 4/2000, 174).

Il n'existe aucune règle stricte exigeant qu'une décision traite tous les points litigieux ou susceptibles de le devenir entre l'instance qui statue et les parties concernées. Pour des raisons d'économie, il est cependant approprié de fonder un rejet sur plusieurs motifs distincts afin d'arriver le plus rapidement possible à une décision définitive. Par conséquent, une division d'examen ou d'opposition devrait traiter les questions qui pourraient être pertinentes en seconde instance, dans la mesure où cela n'entraîne pas d'importants travaux supplémentaires, pour éviter, dans le cas où la chambre de recours ne maintient pas la décision, que l'affaire ne soit renvoyée devant l'instance qui a pris celle-ci.