Der im ersten Halbsatz des Art. 53 b) angegebene Ausschluss gilt, wie im zweiten Halbsatz ausdrücklich erwähnt, nicht für "mikrobiologische Verfahren oder deren Erzeugnisse".

Ein "mikrobiologisches Verfahren" ist jedes Verfahren, bei dem mikrobiologisches Material verwendet, ein Eingriff in mikrobiologisches Material durchgeführt oder mikrobiologisches Material hervorgebracht wird. Somit ist der Begriff "mikrobiologisches Verfahren" dahin gehend auszulegen, dass er nicht nur Verfahren umfasst, bei denen ein Eingriff in mikrobiologisches Material vorgenommen oder solches Material hervorgebracht wird, z. B. durch gentechnische Veränderungen, sondern auch Verfahren, die den Patentansprüchen zufolge mikrobiologische wie auch nichtmikrobiologische Verfahrensschritte umfassen.

Darüber hinaus kann das Erzeugnis eines mikrobiologischen Verfahrens als solches patentierbar sein (Erzeugnisanspruch). Art. 53 b) ist so auszulegen, dass die Vermehrung des Mikroorganismus selbst ein mikrobiologisches Verfahren darstellt. Als ein Erzeugnis dieses Verfahrens ist daher der Mikroorganismus als solcher dem Patentschutz zugänglich (siehe IV, 2.3.1 Entdeckungen). Unter den Begriff "Mikroorganismus" fallen Bakterien und andere für das bloße Auge nicht sichtbare, im Allgemeinen einzellige Organismen, die im Labor vermehrt und manipuliert werden können (siehe T 356/93, ABl. 8/1995, 545), einschließlich Plasmiden und Viren, einzelliger Pilze (einschließlich Hefen), Algen, Protozoen sowie menschlicher, tierischer und pflanzlicher Zellen.

Andererseits können Erzeugnisansprüche für Pflanzensorten oder 6Tierrassen auch dann nicht zugelassen werden, wenn diese mittels eines mikrobiologischen Verfahrens gewonnen wurden (Regel 23c c)). Das Patentierungsverbot des Art. 53 b) erster Halbsatz gilt für Pflanzensorten unabhängig davon, auf welche Weise sie erzeugt wurden. Daher sind Pflanzensorten, in denen Gene vorhanden sind, die mittels der rekombinanten Gentechnik in eine Elternpflanze eingebracht wurden, vom Patentschutz ausgeschlossen (G 1/98, ABl. 3/2000, 111).