L'obligation de procéder à l'examen d'office des faits est toutefois assortie de limites dans l'intérêt de l'économie de la procédure. Ainsi, dans une procédure d'opposition, il n'est pas nécessaire de vérifier, par exemple, si l'usage antérieur public qui a été allégué a bien eu lieu, lorsque la personne qui a fait opposition et dont cette allégation émane n'est plus partie à la procédure et que la preuve de cet usage serait difficile à obtenir à un coût raisonnable.

Dans une procédure d'opposition, l'objet d'un brevet européen n'est pas examiné quant à son unité (cf. D-V, 2.2, avant-dernier alinéa).