Zwischenentscheidungen sind grundsätzlich möglich. Hierbei ist zu beachten, dass gemäß Art. 106 (3) eine Entscheidung, die ein Verfahren gegenüber einem Beteiligten nicht abschließt, nur zusammen mit der Endentscheidung anfechtbar ist, sofern nicht in der Entscheidung die gesonderte Beschwerde zugelassen ist.

Ob eine Zwischenentscheidung zu treffen ist, liegt im Ermessen des betreffenden Organs (siehe jedoch D-VI, 7.2.2 in Bezug auf Zwischenentscheidungen zur Aufrechterhaltung des Patents in geänderter Fassung in Einspruchsverfahren). Zwischenentscheidungen sollten zur Vermeidung einer Zerstückelung des Verfahrens nicht der Regelfall sein. Sie sollten nur dann getroffen werden, wenn sie ein weniger aufwändiges oder Zeit sparendes Gesamtverfahren zur Folge haben. Auch sollten hierbei gegebenenfalls die Interessen der Beteiligten mit in Betracht gezogen werden. In aller Regel wird eine Zwischenentscheidung nur dann sinnvoll sein, wenn in ihr die gesonderte Beschwerde zugelassen wird, da nur auf diesem Wege die Entscheidung über die Vorfrage vor der das Verfahren abschließenden Entscheidung Rechtskraft erlangt. (Das weitere Verfahren muss ausgesetzt werden, bis die Entscheidung Rechtskraft erlangt hat.) Die Zulassung der gesonderten Beschwerde ist insbesondere dann von Bedeutung, wenn die Weiterführung des Verfahrens von der Vorentscheidung über eine Rechtsfrage grundsätzlicher Art abhängig ist, die beispielsweise von verschiedenen Beschwerdekammern voneinander abweichend beurteilt wurde, oder wenn beispielsweise voneinander abweichende Entscheidungen verschiedener Prüfungs- oder Einspruchsabteilungen und keine diesbezügliche Beschwerdeentscheidung vorliegen. Zwischenentscheidungen sind zu begründen; im Falle der Nichtzulassung der gesonderten Beschwerde kann dies auch erst in der Endentscheidung geschehen.